同样的名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如：

>@r1

TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCGCGGCTTTTCCG

>@r2

NTTNTGATGCGGGCTTGTGGAGTTCAGCCGATCTGACTTATGTCATTACCTATGAAATGTGAGGACGCTATGCCTGTACCAAATCCTACAATGCCGGTGAAAGGTGCCGGGATCACCCTGTGGGTTTAT

>@r3

ATCGCCCGCAGACACCTTCACGCTGGACTGTTTCGGCTTTTACAGCGTCGCTTCATAATCCTTTTTCGCCGCCGCCATCAGCGTGTTGTAATCCGCCTGCAGGATTTTCCCGTCTTTCNGTGCCTTGNT

..........等等

 

直接看代码：

1 #encoding = utf-8 2  3 """ 4 简介：fasta文件中按id或者seqence长度排序 5 作者：刘自军 6 data:2017年5月17 21:38 7 """ 8  9 import sys 10 11 args = sys.argv12 13 fasta = {}14 with open(args[1]) as f:15 16     for line in f:17         line = line.strip()18         if line.startswith('>'):19             ID = line20             fasta[ID] = ''21         else:22             fasta[ID] += line23 24     if args[2] == 'id':25         fasta = sorted(fasta.items(),key=lambda i:i[0])  #按id排序 　　　　　　 #python3中废除类iteritems(),但用items()可以实现同样的效果26     elif args[2] == 'len':27         fasta = sorted(fasta.items(),key=lambda i:len(i[1]))  #按每个序列的长度排序28     else:29         fasta = fasta.items()30 31     for k,v in fasta:32             print ('%s\n%s' %(k,v))